微型散热风扇的噪音与摩擦力、空气流动有关。通常转速越高、风量越大，造成的噪音也会越大，另外微型风扇自身的震动也是不可忽视的因素。当然的微型风扇的自身震动会很小，但前面两个者却是难以克服的。

噪音是微型散热风扇工作时产生杂音的大小，受多方面因素影响，单位为分贝（dB）。测量微型风扇的噪声时需要在噪声小于17dB的消音室中进行，距离风扇一米，并沿微型风扇转轴的方向对准风扇的进气口，采用A加权的方式进行测量。微型风扇噪声的频谱特性也很重要，因此还需要用频谱仪记录微型风扇的噪声频率分布情况，一般要求微型风扇的噪声要尽量小，而且不能存在异音。

要想减小微型散热风扇噪音，我们可以尝试使用尺寸较大的风扇。在风量相同的情况下，大风扇在较低转速时的工作噪声要小于小风扇在高转速时的工作噪声。另外一个我们容易忽略的因素是微型风扇的轴承。由于微型风扇在高速转动时转轴和轴承之间要摩擦碰撞，因此这也是微型风扇噪声的一个主要来源。